los archivos .sql no se ejecutan, no son programas.
Una buena forma puede ser
Código PHP:
mysql_query(file_get_contents("archivo.sql"));
Es decir, ya que el archivo es una gran consulta SQL, directamente se lo pasás completo a mysql_query.
Una cosa que tenés que notar es que el archivo puede llegar a procesarse más rápido que lo que se procesan sus consultas. Por ejemplo, si estás creando una tabla y luego ingresando datos, no podrás hacerlo todo de una vez, porque al momento de ejecutarse la consulta la tabla aún no terminó de crearse, y por eso te dará error.
Si ese es tu caso (también puede pasar con los DROP TABLE IF EXISTS), deberías separar el archivo en partes antes de "ejecutarlo".
Saludos.