Conflicto con javascript y php?

[FabianSN]

Me pasó lo mismo que a vos en el libro de visita de mi sitio, me salta a una página de seguridad que dice que la maquina tiene virus, lo bueno es que en la página web pública no pasa nada y aparece como un mensaje, pero en la página de aministracion (estilo browser) se activa y abre esa página de supuesto antivirus.

En mi caso se trataba de un script que creaba otro script que a su vez llamaba a un script de un sitio externo y varios webs más.

Pensaba sencillamente hacer una funcion que busque el texto "<script>" ó "</script>" y lo cambien por cualquier cosa,
¿hay alguna forma más facil de ofuscar un SCRIPT y que quede ilegible o que no se pueda ejecutar?