conectar jar con base de datos

[natxojarto]

Hola!
Tengo una aplicacion hecha ya en windows y ahora tengo q hacer q funcione ahora en linux. Lo que pasa es q no se conectar mi archivo jar con la base de datos de mysql. Quiero hacer como en windows cuando vas a Herramientas Administractivas->Origen de datos y pones la base de datos que utiliza ese programa. Cómo lo puedo hacer facilmente? es que no tengo mucha idea de linux pero si me pudieseis explicar os lo agradeceria
Gracias