Y por qué no te funciona? Yo lo probé y si anda... copypasteá esto y probalo:
Código:
<%
session("user") = "Esta es la session con ' (apóstrofes) en el medio"
Response.Write session("user")
Response.Write "<hr>"
session("user") = replace(session("user"),"'",",")
Response.Write "Ahora reemplazamos y queda:<br>"
Response.Write session("user")
%>