Que tal, he cambiado solo una cosa de tu script y ha quedado esto
Código PHP:
<script language="javascript">
function confirmar (mensaje) {
return confirm('¿Estas seguro?, se borrarán los datos '+mensaje+' del alumno');
}
</script>
echo' <a class="tab" href="http://localhost/sitioPrueba/eliminarDatosFamiliares.php?DNIAlumno='.$dni.'" onclick="return confirmar(\'datos familiares\')" target="tabIframe2">Eliminar Datos familiares</a>';
Espero que te sirva... Saludos