Cita: "Quiero bajar vdeos de youtube y hacer compilaciones de varios con el audio que yo quiero"
Pues es simple, en un editor de video colocas tus clips en capas diferentes, vas cortandolos o seccionandolos y acomodándolos como quieras, eliminas las capas de audio y la suplantas por el que tu quieras..
Cita: "Tengo videos que bajé del emule y deseo crear un dvd con un menú para acceder a cada uno"
Eso, deja ver si hay vtutos sobre autorías.
Cita: "Quiero agregarle elementos sobrepuestos a los videos que bajé de tal sitio"
Igual con algún editor se puede, solo necesitas los elementos a sobreponer en un formato con transparencia tipo gif, png o tiff, y los colocas en capas sobre el video y los mueves.
Si necesitas algo más específico con algún programa específico, te tiramos un cable.