No sé si esto va exactamente así, pero podría ser que, al hacer login, el usuario inicia una SESSION en la cual está especificada la fecha y hora de creación. Todos los post nuevos desde esa fecha (se compara con la fecha actual), se marcan como nuevos, y a partir de ahí se van añadiendo en SESSIONS los post ya leídos (cogiendo la última ID de cada post) Así si hay nuevas respuestas, lo detectará como no leído porque hay nuevas ID de respuesta, y si cierra la sesión y la vuelve a abrir, la fecha variará, por lo que no le volverán a aparecer los mismos post como no leídos.
Espero haberte ayudado.