Hola, yo tube ese mismo problema y lo solucione de la siguiente forma:
Seguro tienes una partición NTFS, bien por mi PC ubica tu carpeta del sitio, presionales con el botón derecho, propiedades y ve a seguridad, dasle todos los permisos necesarios a los Usuarios: IWAM_NOMBREDELPC y IUSR_NOMBREDELPC de lectura y ejecución (todos los permisos) igualmente en la ficha de propiedades dentro de tu IIS dale al sitio web todas las posibilidades de ejecución.
Asi se solucionara tu problema.
Saludos
Sergio Cuervo