esto ya se ha hablado en muchas oportunidades :D
en tu codigo de flash puiedes poner opaque u un transparent y listo....
yo lo resuelvo con el wmode transparent te dejo un ejemplo, lo defines en el param y lo aplicas en el embed....
Código:
<object classid="clsid:D27CDB6E-AE6D-11cf-96B8-444553540000" codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=6,0,29,0" width="TU_ALTO" height="TU_ANCHO">
<param name="movie" value="MENU.swf">
<param name="quality" value="high">
<param name="wmode" name="transparent">
<param name="menu" value="false">
<embed src="MENU.swf" menu="false" quality="high" pluginspage="http://www.macromedia.com/go/getflashplayer" type="application/x-shockwave-flash" width="TU_ALTO" height="TU_ANCHO" wmode="transparent"></embed></object>
saludos..