(sugestivo el título eh
)
Ya en serio, necesitas usar el mismo codec, seguramente al recomprimir la película cambias de codec y eso hace que pierda calidad, por ejemplo con el VirtualDubMod, debes primero conocer el codec, su bitrate, las dimensiones (por si quieres agregar bandas negras), y al momento de guardar, debes usar esas mismas configuraciones para que quede igual
Rebisa tu programa a ver si te permite seleccionar el codec.