En teoría debería de funcionar, pero OJO, en mi caso particular mysql pide el password aún como root ... entonces, el mensaje que obtengo es:
 
Código:
 ERROR 1045 (28000): Access denied for user 'root'@'localhost' (using password: NO)
  Sin embargo, si lo llamo así: 
Código:
 /usr/bin/mysql < /archivo.sql -u USUARIO -pCONTRASEÑA 
  funciona sin problemas ... suerte con tu programa