Mmmm ... es extraño ... dices que si tu base de datos es A y un usuario crea en su base de datos B alguna tabla ... dicha tabla se crea también en A? ...
No debería de ocurrir ... mencionas que usas mysql 6.0 ... si ocurre lo que dices, es posible que sea porque la versión sea un prototipo, en tal caso te recomiendo que regreses a la 5, yo uso la 5.0.27 y me funciona perfecto ...
No es recomendable usar versiones Alpha (como la 6.0) en servidores vivos
saludos