Si has posteado aqui intuyo que es porque tu aplicacion esta desarrollado en php. La opcion que yo te recomendaria es la del uso de plantillas. De esta forma separas lo que es la programacion (php) con el diseño (html). El codigo quedará mucho más limpio y manejable. Échale un vistazo a
smarty por ejemplo, es un gestor de plantillas muy completo para php. O sino puedes montarte tu propio gestor de plantillas, para simplificar (como hago yo).
Y para los html, sí, te recomiendo que uses CSS para los estilos, colores y fuentes etc.
Dreamweaver 8 esta bien para empezar pero hay otros muchos mejores y si programas en php hay editores como por ejemplo el eclipse que tiene un entorno más completo para php.