Para activar el registro de consultas de mysqld, primero tienes que detener el servicio de mysqld que esta corriendo y levantarlo de nuevo con la opcion -l
Código PHP:
shell> mysqld -l archivoLogConsultas.log
si no le especificas el archivo, mysql usara el nombre del host del equipo, saludos, cya
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/es/query-log.html