Hola
Tomé tu código, lo puse en una página de pruebas que tengo, le hice un par de modificaciones, básicamente poner bordes a las capas y fondo al body para ver el funcionamiento y todo va bien.
Aquí te dejo el código que usé:
Código:
<?xml version="1.0" encoding="ISO-8859-1"?>
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.1//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml11/DTD/xhtml11.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="es">
<head>
<style type="text/css">
html,body {
width: 100%;
height: 100%;
background-color: #ccc;
}
#content{
clear:both;
padding: 40px 40px;
background-color: #fff;
color: #333;
border: 1px solid #f00;
width: 90%;
height: 80%;
min-width: 90%;
overflow: auto;
}
div.div1{
float:left;
border: 1px solid #0f0;
}
div.div2 {
float:left;
margin-left: 3em;
margin-top: 6em;
border: 1px solid #00f;
}
</style>
<title>Pruebilla</title>
</head>
<body>
<div id="content">
<div class="div1">
<p> </p>
<p> </p>
<p> </p>
<p> </p>
<p> </p>
contenido div1
</div>
<div class="div2">
<p> </p>
<p> </p>
<p> </p>
<p> </p>
<p> </p>
contenido div2
</div>
</div>
</body>
</html>
Seguramente no te sirve así directamente, pero puedes jugar con el y aprender más del funcionamiento de los componentes que usé.
Las definiciones de dimensiones al body y al html son para ayudar a la visualización, aunque no te vienen mal si las quieres usar, los colores seguramente no te vayan bien. Reduje tus padding porque me daba fastidio usar una ventana tan grande, pero funciona igual con lo que le pongas, por cierto que no se porque tienes un padding de 400px en una capa, suena misterioso.
Bueno, ya nos contarás si te va bien.
Felicidad