... el detalle es que
readfile lee el contenido del archivo, pero eso es para ponerlo en algún búfer de salida (en tu caso el caché de la máquina de quien intente descargar el archivo), en cuanto el archivo se lee en su totalidad, puede empezar a descargarse a la máquina del cliente y es cuando se muestra el cuadro de texto para descargar el archivo.
Por lo tanto, como te está ocurriendo, siempre que el archivo pueda ser leído (por ejemplo tenga los permisos adecuados o no esté abierto en algunos casos) la condición será verdadera y procesará tu código de actualización a la DB.
Hasta donde yo sé, no hay forma de saber si el archivo fué descargado o se canceló la descarga
...
Saludos y suerte
