Mira, algo así
   Código PHP:
    $result = mysql_query(...);// insertar el usuario a la base de datos en esta linea
$id = mysql_insert_id();
$url="http://www.tuweb.com/activado.php?id=$id"; 
    
  Y puedes luego enviar la url por email ^^ 
activado.php deberá poner en 1 el flag para $id 
 Código PHP:
    $result = mysql_query("UPDATE tu_tabla SET activo=1 WHERE idusuario='${_GET['id']}' LIMIT 1"); 
    
  Pero insisto en que es mejor crear un código aleatorio o un hash, para que sea más dificil de adivinar que este simple número de id. 
PD: agradece también a fransisco01 por recomendarme la función 
mysql_insert_id() para recomendartela a vos
xD 
Exitos ^^