Es extraño pareciera que se están guardando solo en caché o en RAM todas tus DB ... y como dices al apagar tu computadora, se borra todo ...
Si la DB oracle trabaja con puerto distinto, no tiene porqué existir conflicto entre oracle y mysql ... y lo de tus formularios de PHP en principio tampoco debería de tener problema ... pero sería bueno checar si entre el código no tienes algo que restablezca
mysql a su estado original de instalación ... es posible que x ahí esté el detalle ... onestamente no conozco
yog, no sé si eso tenga que ver ... intenta usar phpmyadmin, crear una db, meterle datos, hacer algunas transacciones y luego apagar tu máquina ... es posible que tu ide (yog) esté manejando los datos solo en memoria
Un saludo ...
