Muchas gracias por el apporte, gran aporte, 
He agregado algunas cosas, que aparecen com MAYUSCULAS. 
Gracias nuevamente y haber quien mas se anima para mejorar este script  
 Código PHP:
    <?
 
function nombre_usuario($nombres,$apellidos)
{
    // Separamos los Nombres
    list($pri_nombre,$seg_nombre) = explode(" ",$nombres);
    // Separamos los Apellidos
    list($pri_apellido,$seg_apellido) = explode(" ",$apellidos);
 
   // QUITAMOS LOS ESPACIOS EN BLANCO, EJEMPLO DE APELLIDO: DEL  CAMPO
   $pri_nombre= preg_replace('/[ <>\'\"]/','',$pri_nombre); 
   $seg_nombre= preg_replace('/[ <>\'\"]/','',$seg_nombre); 
   $pri_apellido= preg_replace('/[ <>\'\"]/','',$pri_apellido); 
   $seg_apellido= preg_replace('/[ <>\'\"]/','',$seg_apellido); 
 
    // Ticket de Condicion
    $username_encontrado = FALSE;
    $reglas = 0;
 
    $largo_nombre=strlen($pri_nombre);  //largo del nombre
    $j=1; //INDICA LA CANTIDAD DE CARACTERES A EXTRAER DEL NOMBRE
 
    // Mientras Encontremos un UserName
    while ( !$username_encontrado )
    {
        // Comenzamos con las Reglas
        switch ($reglas)
        {
            // Primer Nombre y Primer Apellido
            case 0:
            
                $username = cortar_string(substr($pri_nombre,0,$j).$pri_apellido,12); //MANDAMOS LA CANTIDAD DE LETRAS ($J) DEL NOMBRE + EL APELLIDO (jperez,juperez,juaperez...)
                // Realizamos Consulta SQL
                $sql = "SELECT id FROM usuarios where username = '$username'";
                // Aplicamos Consulta
                // Si existe registro, debemos cambiar el nick
                    $j++; //SIGUIENTE CARACTER DEL NOMBRE
                    #MANTENGO LA REGLA HASTA TERMINAR CON TODAS LAS LETRAS DEL PRIMER NOMBRE
                   if ($j > $largo_nombre) //SE USARON TODAS LAS LETRAS DEL PRIMER NOMBRE
                     {
                     $j=1; //PARA COMENZAR CON LA PRIMERA LETRA DEL NOMBRE
                      $reglas++; // Seguimos con la Otra Regla
                     }
                  else 
                    {
                // Si no Existen Registros
                    $username_encontrado = TRUE;
                    }
                            
            break;
            
            // Primer Nombre Segundo Nombre Primer Apellido
            case 0:
            break;
            // Primer Nombre Primer Apellido Segundo Apellido
            case 0:
            break;
            
            // Regla de Numeros Al Azar
            default:
            $username = cortar_strig($pri_nombre.$pri_apellido,10).rand(0,99);
            // No Aumentamos la $reglas++ ya que esta es la ultima regla, de nombres con un numero al azar
            
            
        }
        
        if ( $username_encontrado )
        {
            // Encontramos el Nick
            // Insertamos en la BD
            // o lo retornamos en la Funcion
            return $username;
        }
    
    
    }
}    
 
function cortar_string($s,$t) 
{
    return( substr($s,0,$t) );
}
 
 
?>