Basar la estructura de un sitio en frames o en iframes trae los consabidos dolores de cabeza.
Google indexa los documentos como si fueran independientes. Y si la búsqueda de un usuario coincide con dicho documento, el mismo tendrá ausente todo el entorno.
El tema no es didícil desde el punto de vista de JavaScript. Tampoco es díficil implementarlo.
En la página de Tunait existe un script que remedia eso:
Evitar páginas fuera de su frame
Espero te sea útil.