He pensado un poco sobre este tema y me parece que se puede mejorar el código separando con un carácter ( por ejemplo ";") cada país.
Código:
qstr = "getsucursales.php?idpais=";
if(el.selectedIndex != undefined && el.selectedIndex != -1){
for(j=0; j < el.options.length; j++) {
if(el.options[j].selected == true) {
qstr += escape(el.options[j].value)+';';
}}}
qstr = qstr.substring(0,qstr.length - 1);
xmlHttp.open("GET", qstr, true);
Luego, en el php, basta con ejecutar la instrucción explode para tener todos los paises en un vector que puedes recorrer para componer la respuesta
Código PHP:
$paises = explode(';', $_GET['idpais']);