mmm exec que yo sepa no retorna falso a la hora de regresar resultado, por lo que deberias de quitar el or die(), y mas bien analizar con la salida de exec si pudo o no convertir el video.
Algo asi:
Código PHP:
$resultado = exec('/home/animalita/bin/ffmpeg -i /home/animalita/bin/100_3947.MOV -ab 56 -ar 22050 -b 500 -r 15 -s 320x240 eronias.flv',$res);
Saludos.