de javascript estoy como un 0 a la izquierda, pero me parece que estás haciendo mal el bucle. Yo lo haría así:
Código:
<SCRIPT LANGUAGE="JavaScript">
<%
cont =0
Do while not fechas.EOF And not fechas.BOF
%>
var variable_js="<%=cont%>";
alert(variable_js);
team = new Array(
new Array("<%=(fechas.Fields.Item("kd_fecha").Value)%>","<%=cont%>" );
<%
cont=cont+1
fechas.MoveNext()
loop
%>
</script>