Hola
En versiones anteriores MyISAM era mucho mas rápido que InnoDB por el echo de no contar la integridad referencial, en la actualidad InnoDB a alcanzado una velocidad casi como la MyIsam.
Cita: en su opinion, cual es la mejor opcion?
Depende de lo que vas a desarrollar, si deseas que tus datos sean transaccionales y cumplan con el ACID usa innoDB (tiendas online, facturación, etc ), pero si no usa la MyIsam.
Cita: por que linux no soporta motores InnoDB?
Si lo soporta, pero depende como se compile el mysql en dicho servidor, algunos servidores compilan mysql sin soporte a innoBD.
Cita: se pueden tener en una misma base de datos tablas de diferente motor?
Porsupuesto, no hay ningún problema
Saludos!