Pues es bastante simple de hacer.
Te doy una idea (hay muchas) y a ver que te parece.
Al registrar al usuario, guardas una cadena aleatoria, a modo de contraseña, que igualmente puedes codificar. Para activar la cuenta, envías un email al usuario diciéndole que tiene que visitar una página que reciba mediante GET los valores de esa
contraseña y la dirección de correo del usuario. Algo del tipo:
http://www.ñ.com/activarusuario.php?...a349Jsn2Ik8JLs
Supongo que se entiende:
Saludos.