Ahora, por que no defines cada session? ej:
Código PHP:
#En sistema1.php
session_name('tuSistemaUno');
session_cache_expire(15); #Si lo deseas
session_start();
$_SESSION["sistema"] = "Uno";
#en sistema2.php
session_name('tuSistemaDos');
session_cache_expire(15); #Si lo deseas
session_start();
$_SESSION["sistema"] = "Dos";
Así, si bien ambas sessions se llaman $_SESSION["sistema"] pertenecen a lugares diferentes y tienen valores diferentes, depende de que definas como session_name al momento de la llamada. También podrías agregar un
session_save_path('undir/otrodirparasessiones'), aunque con el session_name ya te sobra.