Que yo sepa si corrompen en cierta medida tu sistema de paquetes por que sus registros no corresponden con el sistema nativo. Por otro lado, no se CNR, pero algunos sistemas incluyen las dependencias en el mismo paquete ocasionando cargas duplicadas de éstas y por supuesto ocupando más espacio en memoria.
Respecto al Portage, todavía no pruebo Gentoo, aun que se habla maravillas de el, apt me parece más que suficiente para mis necesidades actuales y futuras.
