No, efectivamente, solo acepta video AVI no comprimido, QuickTime, o secuencias de imágenes, esto, supongo, para que los algorítmos de detección sean más efectivos, el video comprimido reduce la calidad del video y con ello se dificulta la detección de los movimientos de la imagen.
Tus archivos deberías de pasarlos o a QuikTime con coden Animation, o a AVI con codec DVAVI, o a secuencias de imagen Tiff, culalquiera de los tres te va a aocupar mucho espacio, pero los resultados serán mejores, aunque depende de la calidad del video original...
Gracias por tus comentarios