Hola, aqui va un poco de ayuda. Con respecto al manual, puedes descargarlo de la pagina, en el formato que quieras
http://dev.mysql.com/doc/#refman
Para el diseño y modelado de base de datos te puedo recomendar una pagina
http://mysql.conclase.net/curso/index.php
Puedes buscar mas informacion, puedes utilizar el dbdesigner4 para realizar los diagramas de tablas, etc. Puedes descargarlo de la pagina
http://www.fabforce.net
Si deseas programar con php, date una vuelta por la FAQ del foro de php, ahi encontraras mucha ayuda con respecto a manuales, tutoriales, ejemplos, etc.
Espero que te sirva.
Saludos y Suerte!!!!!