En XP puedes usar el comando en la ventana DOS "
convert c: /fs:ntfs" en 2003 desconozco aunque posiblemente sea igual.
De todas formas estas cosas son demasiado delicadas para poder perder información vital si algo falla por lo que te recomiendo que antes de hacer nada hagas una copia de seguridad de tus datos mas importantes.
También existen muchas alternativas al Partition Magic y que funcionan en 2003 como por ejemplo:
http://www.partition-manager.com/hom...l/features.htm