Buenas
El navegador no accede a la clase aplicada al objeto, si no directamente al objeto. Ve que tiene asignada una clase, pero no sabe lo que hay definido en esa clase. Deberás definir directamente al elemento (div) los atributos css para que puedas acceder a ellos de la forma en la que lo estás haciendo
Acuérdate además de agregarle las unidades tras cambiar la posición
Código:
document.getElementById('capa').style.top = y +"px";