No acabo de entender muy bien la estructura de tus carpetas. De todas formas, te comento que para subir un nivel (por ejemplo, si estás en /base/funciones.php y quieres incluir un fichero que está en /hola.php) tendrías que llamarlo así:
Código PHP:
include("../hola.php");
Si seguimos en /base/funciones.php y quieres acceder a /hola/mundo/script.php, tendrías que incluirlo así:
Código PHP:
include("../hola/mundo/script.php");
Creo que se entiende, si no pregunta.
Saludos.