El tema de la sessiones no la comprendo bien, pero es por browser, si abrís 100 solapas con una sesión iniciada ésta se mantendrá.
 
Con el tema del error es a que seguramente ya has enviado contenido al browser y una vez que pasa eso no se pueden enviar headers. O sacas la salida que tengas antes de la línea 6 de seguridad (en orden de aparición, puede que este en un include al que incluís antes de seguridad), o cambias el header location por algo como:  
 Código PHP:
   
 <? 
session_start(); 
if ($_SESSION['autentificado'] != "SI") { 
    //si no existe, envio a la página de autentificacion 
    exit("<script>window.location = 'Location: autentificacion.php'</script>"); 
} 
?>    
  Saludos,