Esto me suena a que la clave la has definido como tipo "char", en lugar de "varchar". Si lo has hecho así, es posible que intente crear una clave con un número determinado de caracteres, y si es menor a la longitud definida, entonces te la completará con espacios en blanco.
Después de asegurarte que no has usado "char", puedes ejecutar la siguiente consulta:
Código:
update tabla set clave = rtrim(clave)
y te arreglará las claves.
Por cierto, utiliza la anterior consulta con precaución, ya que puede haber otras tablas que hagan referencia a la tabla que intentas arreglar a través de las claves, y esto te fastidiará la base de datos.