De esa forma es la mejor que puedes hacer, con el disco de arranque puedes hasta reparar lo qu ehallas dañado o tambien puedes entrar en el windows y hacer un backup a todo lo que necesitas, guardandolo en un zip o si estas en una red traspasandolo a otra maquina....
Puedes tambien instalarle otro disco duro y traspasas la informacion que necesitas hacerle backup de un disco a otro, eso lo puedes hacer desde el ms-dos.
Pero con el disco de arranque sera necesario al menos que tengas dañados otras cositas.
Espero y te sirva