hola, usando
TRNCATE lo puedes hacer, aun que en el manual habla de tablas, no dice vaciar la base de datos entera usando esta sentencia, me imagino que asi lo puedes hacer:
Código PHP:
TRUNCATE TABLE 'tabla_1';
TRUNCATE TABLE 'tabla_2';
TRUNCATE TABLE 'tabla_3';
eso en la ventada de SQL en el phpmiadmin, realmente no conosco ese programita tan bueno que dices, pero si tiene alguna opcion de escribir sentencias SQL, escribes eso a vr si te sirve, claro, primero has un backup, por si las moscassssssssSs
saludos y suerte