Lo que podés hacer es usar los checkbox como array, guardando como valor el id del auto.
Por ejemplo
Código PHP:
while ($row = mysql_fetch_assoc($query)) {
echo "<input type='checkbox' name='comparar[]' value='" . $row['id'] . "' />" . $row['modelo'];
}
Entonces en la página que compara los resultados, tenés que recibir $_POST['comparar'] como un array con varios ids de modelos