Creo que o no nos estamos entendiendo o no comprendo bien cual es tu pregunta, no obstante vamos a ver si he acertado:
Entiendo que en el código que me has pasado que lo que te molesta es el hecho de que el div auxiliar en llugar de quedarse abajo del mismo modo que está escrito en el html se suba para arriba cuando usas posiciones absolutas.
Si esto es así es completamente normal.
En el momento que le das a una capa un posicionamiento absoluto se vuelve "etereo", se pone a volar, no pesa, no tiene cuerpo y no hace ni ocupa espacio. Por lo tanto no es que el div auxiliar se suba para arriba, si no que como lo que tiene en su interior son capas con posición absoluta no las detecta y se queda en el tamaño mínimo.
para solucionarlo, o mejor dicho, para comprobarlo, tan solo has de darle un tamaño a las capas que contienen las capas absolutas, y así podrás ver que es lo que está pasando.
Mira aquí te pongo el ejemplo para que veas lo que te digo, tan sólo ábrelo con el navegador.
Código:
<html>
<head>
<style>
#contenedor {
width: 800px;
margin: 0 auto;
background-color: #99CCFF;
}
#principal {
width: 750px;
position: relative;
background-color: #000000;
height: 250px;
}
#auxiliar {
width: 750px;
background-color: #0000CC;
height: 100px;
}
</style>
</head>
<body>
<div id="contenedor">
<div id="principal">
<div style="background-color: yellow; width: 700px; height: 100px; position: absolute; right: 0; top: 0px;">
estan todos los otros divs pero todos con posicion absolute
</div>
<div style="background-color: red; width: 700px; height: 100px; position: absolute; right: 0; top: 100px;">
estan todos los otros divs pero todos con posicion absolute
</div>
</div>
<div id="auxiliar">
aqui un contenido auxiliar
</div>
</div>
</body>
</html>
Lo que más me sorprende de todo es que no acierto a entender porque quieres usar posicionamientos absolutos para un diseño tan simple. Quiero decir que creo que te complicas demasiado, sería mucho más efectivo y seguro hacerlo con capas normales con floats.
Si lo que ocurre es que no he entendido que es lo que te preocupa exactamente intenta exponerlo de un modo más didáctico porque no acabo de entender el problema que te preocupa