Los DVD tienes dos carpetas, AUDIO_TS que va vacía y VIDEO_TS que es donde van todos los archivos VOB, IFO y BUP. Simplemente tienes que crear una nueva carpeta, o varias, las puedes llamar Datos, MP3, Fotos... como quieras, y ahí metes todo. Mientras no toques las dos carpetas originales, no pasará nada.
Si el programa que usas no te deja hacerlo, el Nero Burning ROM sí te dejará. Creas un "DVD de vídeo", arrastras todos los VOB/IFO/BUP en la carpeta VIDEO_TS, y luego creas las nuevas carpetas y metes en ellas el resto de archivos.
Un saludo