Yo tengo un problema parecido, en el pendrive necesitaba tener mis datos no accesibles, ya sabes por si los pierdes. Para ello uso el Truecrypt. Creas una unidad virtual dentro del disco duro con contraseña y si quieres fichero llave y todo eso. Es gratis y tb tienes la version portable. Puedes elegir el tamaño de la unidad virtual y el resto dejarlo si encriptar.
http://truecrypt.softonic.com/
Un saludo,