Lo que ocurre en el primer código que has posteado es que la línea
var hijosDIV = $("contenedor").getElementsByTagName("DIV");
llama a "contenedor" antes de que se cree, por lo tanto todavia no existe, y da error. Hay que llamarlo con un
window.onload o después de haber incrustado el elemento HTML en la página, como te lo puse yo
Pruébalo, ya verás como cada div tiene su valor, y no se alerta sólo el último. Ésto es porque la variable
aux no es global, sólo pertenece al ámbito de la función anónima (y a todas las declaradas por debajo o dentro de esa función, véase el manejador de onclick de cada capa).
Tu código es más complicado, pero creo que lo que te he explicado va a ser difícil de aplicar en tu código... quizás viendo un ejemplo completo que podamos probar...
La variable
cveAct no tengo muy claro de dónde sale y porque te toma valores inesperados..