Hola!
Haber para mi es importante siempre separar el diseño del contendio. Flash es una buena herramienta para aplicaciones pero no podemos volver a diseñar todo con flash eso desde mi punto de vista no sería conveniente. Creo que como lo estás haciendo está bien utilizar plantillas es excelente. En hora buena...
Y de paso te recomiendo
este artículo de Maestros del Web de usabilidad es muy bueno recomienda libros...
