Puede que tenga efectos negativos, pues puede que uses métodos de la jdk 1.4.2.11 que no esten en el jdk 1.4.2.06 . Personalmente te recomiendo que uses la misma jdk tanto para desarrollar como para produccion.
En un momento dado no veria con malos ojos q la versión de la jdk de producción fuera mayor que con la q desarrollas, aun asi no lo recomiendo.
