¿libre en qué sentido?
Los lenguajes de programación siempre son "libres", podés programar cuanto quieras en ellos.
Lo que puede no ser libre son las bibliotecas, compiladores, entornos de desarrollo y o entornos de ejecución que necesitan. Por ejemplo, puede ser que para desarrollar necesites X biblioteca que tengas que pagar.
Tanto el JRE como el JDK están siendo licenciados según la GPL, por lo que java es bastante libre
No sé exactamente qué es lo que querés decir con que Java no es libre...
Saludos.