El ejemplo de
www.cliente.sitio.com, es precisamente un subdominio.
Si comentas que eso no les gustaria a lso clientes, lo unico que se me ocurre son 2 cosas.
1º Hacer un frame para ocultar la dirección real. Yo personalmente no la recomiendo, ya que puede darte fallos los frames.
2º Aun que pueda ser un poco mas caro, contratar un servidor dedicado, en el que tu puedes crear tus propias DNS, así al contratar los dominios de los clientes, desde el panel de administración de los mismos, les indicas tu servidor dns. La ventaja de este método es que tienes un servidor practicamente para los clientes que necesites, y normalmente las limitaciones las pones tu, las desventajas.... depende de tu proveedor del servidor dedicado en el trafico que tendría.