Vale aclarar que ambas formas son válidas, tanto <? como <?php.
La forma "corta" se controla con un parámetro en el
php.ini: short_open_tag
Siempre es recomendable usar la forma larga, que es la única que no puede ser deshabilitada.
El tema del "caracter de control de salto de renglón" sucede porque los sistemas operativos consideran diferentes caracteres para mostrar un salto de línea. Existen 2 caracteres de control, "retorno de carro" (
carriage return, "<CR>", representado con \r) y "nueva línea" (
line feed, "<LF>", representado con \n)
El caso es que "un enter" en el texto, significa:
- Para Windows, \r\n
- Para Mac, \r
- Para Unix, \n
Y como el bloc de notas solo sabe de windows, al encontrar solo uno de los dos caracteres no hace el salto de línea sino que muestra un cuadradito.
Esa es la explicación simplificada, hay algo más de información
en la Wikipedia.
Saludos.