Hola.
En Hotscripts tienes todo tipo de scripts para Cpanel. Concretamente el que tu necesitas es este
http://www.hotscripts.com/Detailed/61413.html, lo que pasa es que este script es para poder poner un formulario en tu web y que desde allí se puedan crear subdominios, o sea, que tendrás que modificarlo un poco para que cuando alguien se registre se genere automáticamente un subdominio con su nombre de usuario. Cuenta que también tendrás que permitirle que se den de alta una base de datos (si quieres) también hay un script para eso. ¿Y cuentas de correo? Pues también. Mírate en esta dirección que es todo para Cpanel
http://www.hotscripts.com/search/16747969.html.
Lo que deberías hacer es programarte un mini-panel en el que tus usuarios puedan logarse y una vez dentro puedan gestionar sus cuentas de correo, mysql, etc...
Espero que alguno te sirva.