Bueno por si acaso tambien alguien tiene el dichoso problema algun dia. Consegui hacerlo funcionar. Claro es algo que no deberia de ser asi. Creo que es un fallo grave de Mysql 5.
En fin funciono poniendolo asi.
Código PHP:
SELECT DISTINCT dia FROM grafcasosva
WHERE dia IN
(SELECT dia FROM grafcasosva where dia BETWEEN '2007/05/07' AND '2007/05/13')