Ya entiendo un poco mas el indice es el que se pierde con unset, lo que debes de hacer entonces es:
Código PHP:
$elem = array( "a", "b", "c" );
var_dump( $elem );
unset( $elem[1] );
$elem = array_values( $elem );
var_dump( $elem );
Con array_values reseteas el indice del arreglo.
Saludos.