Hola pablocb pues para eso necesitas que el nombre de tus checkbox tiene que ser una matriz y los valores deben de ser los ids:
Código PHP:
<?php
echo '<input type="checkbox" name="ids[]" value="' . $rows['usuario_id'] . '>';
?>
Luego, para procesarlo; de la siguiente manera:
Código PHP:
<?php
for($i=0;$i<count($_POST['ids']);$i++){
echo $_POST['ids'][$i] . '<br>';
// procesar...
}
?>
Saludos